Bioinformatiker i avancerad maskininlärning och AI

STOCKHOLMS UNIVERSITET

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.  Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: www.dbb.su.se. Arbetsuppgifter SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, med syftet att utbilda och rekrytera nästa generation av livsvetare samt skapa stark och globalt konkurrenskraftig kompetens inom beräkningsvetenskap och datavetenskap för svensk livsvetenskap. Programmet syftar till att stärka nationella samarbeten mellan universitet, överbrygga forskningsmiljöerna inom livs- och datavetenskap samt skapa partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer. Vi söker nu en Data Science Lead till SciLifeLabs bioinformatikplattform (National Bioinformatics Infrastructure Sweden: www.nbis.se) för att bidra till att forma och påskynda införandet av avancerad maskininlärning och AI inom datadriven livsvetenskaplig forskning. Vid SciLifeLabs bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter, kommer du att ha en nyckelroll i strategisk och praktisk planering tillsammans med SciLifeLabs AI Lead och andra nationella och internationella partners. En del av din tid kommer också att innebära att bidra till utvalda forskningsprojekt, ge vägledning kring avancerade analytiska och AI-drivna metoder samt medverka i forskarutbildning på nationell nivå. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är: Strategisk och praktisk planering för att forma och påskynda införandet av avancerad maskininlärning och AI inom datadriven livsvetenskaplig forskning, i nära samarbete med centrala nationella och internationella partners. Medverka i vetenskaplig vägledning och utbildning av senior bioinformatikpersonal inom stödverksamhet. Genomföra avancerade dataanalyser och ge vägledning i nationellt prioriterade datadrivna forskningsprojekt inom livsvetenskap. Medverka i avancerade nationella forskarutbildningskurser och utbildningsinsatser. Kvalifikationer Vi söker dig som har: doktorsexamen eller motsvarande arbetslivserfarenhet inom bildanalys, bioinformatik, datavetenskap, ingenjörsvetenskap, fysik eller motsvarande område. omfattande erfarenhet (5+ år) av att tillämpa och/eller utveckla avancerade metoder inom maskininlärning och AI i internationellt konkurrenskraftig livsvetenskaplig forskning. mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska. stark samarbets- och kommunikationsförmåga. Ytterligare kvalifikationer Relevant postdoktoral erfarenhet eller motsvarande erfarenhet från industrin är en stark merit men inget krav. Programmeringskunskaper i Python och erfarenhet av datavetenskapliga verktyg såsom Numpy, Pandas eller Matplotlib är meriterande, liksom erfarenhet av att använda moderna deep learning-ramverk såsom PyTorch och TensorFlow, eller avancerad användning av LLM:er. “Reproducerbar forskning” och “FAIR-data” är centrala begrepp för oss, och vi värdesätter erfarenhet av utveckling av reproducerbar kod genom plattformar för koddelning, versionshantering, arbetsflödesspråk och containerlösningar. Dokumenterad förmåga att ansvarsfullt och rättsenligt tillämpa maskininlärnings-och AI-metoder på känsliga personuppgifter är meriterande, liksom erfarenhet av validering och tolkning av AI-modeller. Om anställningen Anställningen gäller tills vidare på heltid med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde enligt överenskommelse. Vi erbjuder Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor. Arbetsplatsen är förlagd till SciLifeLab’s Stockholm campus i Solna. Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla. Kontakt Ytterligare information lämnas av Björn Nystedt, bjorn.nystedt@scilifelab.se eller Pär Engström, par.engstrom@scilifelab.se. Ansökan Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning. Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.

REGION STOCKHOLM

Är du redo för nästa steg i karriären inom klinisk genetik? Hos oss på Karolinska Universitetssjukhuset får du vara med och driva utvecklingen framåt i landets största genetiska enhet. Vi erbjuder en spännande roll där du får arbeta i multidisciplinära team, bidra till forskning och undervisning samt delta i utvecklingen av nya diagnostiska metoder. Du erbjuds möjlighet att vara med och påverka samt engagera dig i verksamhetens utveckling ett nära och givande samarbete med andra yrkeskategorier möjlighet att vara med och utveckla framtidens sjukvård samt bidra till klinisk forskning, utveckling och undervisning Självklart får du också ta del av våra generella förmåner som Karolinska Universitetssjukhuset erbjuder dig. Om tjänsten Klinisk genetik och genomik på Karolinska Universitetssjukhuset är landets största enhet i sitt slag. Vi tillhandahåller genetisk expertkunskap och ansvarar för genetisk laboratoriediagnostik, familjeutredningar och patientinformation vid genetiska sjukdomar. Vi bedriver även forskning och utbildning. Verksamheten har regionansvar. Kliniken är en central del av det precisionsmedicinska samarbetet inom  Genomic Medicine Center Karolinska, GMCK, där klinik, diagnostik, bioinformatik, forskning och utveckling möts för att implementera avancerad genomik i sjukvården. Genom vårt nära samarbete med forskargrupper vid Karolinska Institutet finns en stark koppling till translationell forskning, metodutveckling och undervisning. Verksamheten bedrivs också i etablerat samarbete med Clinical Genomics vid SciLifeLab, vilket ger tillgång till avancerade teknologiska plattformar och den senaste utvecklingen inom sekvensering och genomisk analys. Våra genetiska laboratorier ligger på Karolinska Universitetssjukhuset i Solna, i L-kvarteret och i BioClinicum, i nära anslutning till Nya Karolinska Solna. I våra ackrediterade laboratorier arbetar vi i multidisciplinära team där sjukhusgenetiker samarbetar tätt med läkare, BMA och annan laborerande personal. För den som är intresserad finns även möjlighet att undervisa på grundutbildnings- och forskarutbildningsnivå.  Kunskapsutvecklingen inom genetik går snabbt framåt, och sjukvården behöver kontinuerligt utvecklas för att ligga i framkant. Kliniken har idag tjugo sjukhusgenetiker vars huvudsakliga arbetsuppgifter är att handlägga och besvara laboratorieanalyser samt utveckla och kvalitetssäkra laboratoriemetoder. Verksamheten spänner från klassisk cytogenomik till modern molekylär diagnostik och omfattar bland annat helgenomsekvensering, genpaneldiagnostik och riktade mutationstester för såväl diagnostik som uppföljning av sjukdom. Arbetet innefattar analys av genetiska data samt framtagande och bedömning av provsvar och utförs i multidisciplinära team tillsammans med olika specialistkompetenser. Vi söker dig som vill vara med och utveckla framtidens diagnostik. Hos oss blir du en del av en dynamisk och kunskapsintensiv verksamhet där införande, validering och kvalitetssäkring av nya analyser är en naturlig del av arbetet. Utöver det kliniskt diagnostiska arbetet får du möjlighet att bidra till metodutveckling, implementering av nya tekniker och vidareutveckling av diagnostiska processer med direkt betydelse för patientvården. Erfarenhet av bioinformatisk analys och tolkning av genomiska data är meriterande och ses som en viktig tillgång i rollen. Vi vill anställa två biträdande sjukhusgenetiker, en som kommer att arbeta i teamet för genetisk diagnostik av medfödda sjukdomar och en i teamet för leukemidiagnostik/hematologiska maligniteter. Teamet för genetisk diagnostik av medfödda sjukdomar: En stor andel av analyserna baseras på helgenomsekvensering och analys av definierade genpaneler specifika för olika sjukdomstillstånd. Analysen sker i mjukvaran Scout och inom ramen för GMCK multidisciplinära arbetssätt, medan sekvenseringen utförs genom vårt etablerade samarbete med Clinical Genomics-faciliteten vid SciLifeLab. Andra diagnostiska analyser som utförs inkluderar cytogenomik, såsom kromosomanalys, FISH och array-CGH, samt molekylärgenetiska analyser, såsom DNA-sekvensering, riktade mutationstester, MLPA och trinukleotidanalys. Teamet för leukemidiagnostik/hematologiska maligniteter: Diagnostiken inkluderar klassisk cytogenomik, såsom kromosomanalys, FISH och array-CGH, molekylärgenetiska analyser, såsom ddPCR, cfDNA-analys, DNA-sekvensering och MLPA, samt modern molekylär diagnostik som omfattar helgenomsekvensering och genpaneldiagnostik med analys i Scout. Genom GMCK, samarbetet med Karolinska Institutet och Clinical Genomics vid SciLifeLab finns en stark kop För den intresserade finns möjlighet till undervisning på grundutbildning och forskarutbildningsnivå. I vårt ackrediterade laboratorium arbetar vi tillsammans i multidisciplinära team där sjukhusgenetiker samarbetar tätt med både läkare, BMA och annan laborerande personal. Vi söker dig som är ingenjör, kemist, biomedicinare eller molekylärbiolog med en doktorsgrad inom genetik (eller annat relevant område). Erfarenhet av arbete med analys av nukleotidavvikelser och strukturella varianter med helgenomanalys i klinisk diagnostik är av stort värde har bra samarbets- och kommunikationsförmåga, eftersom de flesta arbetsmoment innebär en dialog med andra yrkesgrupper inom kliniken. engagerar dig i enhetens verksamhet samt identifierar behov och möjligheter till att effektivisera processer. Du söker information och bidrar aktivt till dialog och utveckling av verksamheten kan arbeta självständigt, tar initiativ, genomför och slutför uppdrag. Du är lyhörd, smidig och utåtriktad och gillar att arbeta i grupp. Kvalifikationer Krav: Ingenjör, kemist, biomedicinare, biomedicinsk analyster eller molekylärbiolog Disputerad inom bioinformatik / human genetik Goda kunskaper i svenska och engelska språket, skriftligt och muntligt. Meriterande: Arbetslivserfarenhet från kliniskt genetisk laboratorieverksamhet Erfarenhet av förändringsarbete. Erfarenhet av undervisning och forskning

UPPSALA UNIVERSITET

Doktorand i AI och maskininlärning för cancerforskning Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården.Läs gärna mer om institutionen här: https://www.uu.se/institution/immunologi-genetik-och-patologi Vill du använda artificiell intelligens och maskininlärning för att förstå — och programmera om — beteendet hos en av världens farligaste cancersjukdomar? Vi söker en doktorand som vill bedriva forskning i världsklass kring glioblastom: en hjärntumör vars dödlighet inte drivs av spridning till andra organ, utan av dess förmåga att kontinuerligt byta biologisk karaktär och invadera hjärnvävnaden. Med oss får du möjligheten att kombinera spjutspetsig AI-metodutveckling med direkt experimentell validering, i en internationell forskningsmiljö med starka samarbeten och unika resurser. Forskargruppen leds av professor Sven Nelander vid IGP Uppsala universitet. Vi arbetar i skärningspunkten mellan AI/maskininlärning, systembiologi och experimentell neuro-onkologi. Vår grupp har under mer än ett decennium byggt upp unika resurser: en biobank med över 100 patientavledda glioblastomceller (distribuerade till 54 laboratorier i 17 länder), storskalig Perturb-seq-data, egenutvecklade CRISPR-reporterverktyg och ett prototypsystem för multimodal AI. Gruppen är en del av det nationella strategiska forskningscentrumet CNSx3 och har koppling till UUniFIs AI-institute. Ett unikt sammanhang för spjutspetsforskning med verklig tvärvetenskaplig karaktär. Projektet finansieras av Vetenskapsrådet, Cancerfonden, KAW och SSF. Arbetsuppgifter Det grundläggande problemet vi vill lösa är att förstå hur celler i en hjärntumör väljer att byta karaktär — och hur vi kan använda den kunskapen för att aktivt styra dem mot mer behandlingskänsliga tillstånd. Vi kallar detta state steering. Till skillnad från konventionell cancerterapi, som syftar till att döda tumörceller med brett verkande terapier, syftar state steering till att omprogrammera dem. Via omprogrammeringen uppnås en rad effekter, såsom minskad invasion, ökad känslighet till strålning, eller senescens. Du kommer att arbeta med två huvudsakliga typer av data som samlas in inom ramen för det strategiska forskningscentrumet CNS×3: storskaliga interventionsexperiment, där vi systematiskt kartlägger hur genetiska och farmakologiska störningar påverkar tumörcellernas plasticitet, samt bildbaserad spårningsdata, där enskilda tumörceller följs i realtid när de vandrar genom hjärnvävnad. Målet är att bygga AI-modeller som samlar dessa datakällor och kan förutsäga hur en given behandling påverkar tumörens beteende och utfall.  Befintliga verktyg som gömda Markov-modeller (HMM), som används för att analysera enskilda cellers rörelser i bilddata, är specialfall av detta ramverk. Det nya bidraget, rewire-seq, är en mer generell och dataskalbar version som kombinerar storskaliga interventionsexperiment med bildbaserad cellspårning för att ge en sammanhållen bild av tumördynamiken. En nyckelkomponent i projektet är cyklisk experimentering: modellens prediktioner styr direkt valet av nästa experiment, och resultaten återmatas in i modellen — en process som gör forskningen progressivt mer precis. Du arbetar nära experimentella kollegor i en teambaserad miljö och omvandlar gemensamt biologiska frågor till beräkningslösningar med klinisk relevans. Kvalifikationskrav Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har - avlagt examen på avancerad nivå inom beräkningsbiologi, bioinformatik, maskininlärning, tillämpad matematik, biofysik, molekylärbiologi, eller liknande, eller - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Projektet kräver solid förståelse av den matematik som ligger till grund för AI och maskininlärning — exempelvis linjär algebra, sannolikhetslära och statistisk inferens. Du bör ha konkret erfarenhet av krävande dataanalyser, t.ex. inom genomik, bildanalys eller biokemiska screeningdata. Starka programmeringsfärdigheter i Python, R eller annat språk är nödvändigt. Vi är öppna för sökande med potential att kombinera experimentellt och beräkningsbaserat arbete. Projektet passar dig som på lång sikt vill arbeta med spjutspetsforskning inom akademi eller industri. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet. Utmärkt talad och skriven engelska krävs i rollen. Önskvärt/meriterande i övrigt Erfarenhet av analys av single-cell RNA-sekvensdata, CRISPR-screening, eller bilddata. Erfarenhet av djupinlärning eller grafneurala nätverk. Erfarenhet av modellering av dynamiska system eller systemkontroll. Tidigare erfarenhet av metodutveckling eller publicerad forskning. Intresse för cancerbiologi och förmåga att formulera biologiska hypoteser utifrån data. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer. Om anställningen  Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast möjligt eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala Upplysningar om anställningen lämnas av: Sven Nelander, sven.nelander@igp.uu.se. Välkommen med din ansökan senast den 16 augusti2026, UFV-PA 2026/1605. Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/ Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd. Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Fackliga företrädare: Saco-S - saco-s@uu.se, Seko - seko@uadm.uu.se, ST (OFR/S) - ofr@uu.se