Detection

Postdoktor inom exposomanalyser Vill du arbeta med exposomanalyser och metabolomik i en kliniknära miljö, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som postdoktor på Uppsala universitet. Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se. Vi söker nu en mycket ambitiös och driftig postdoktor som ska jobba med oss med fokus på exposomanalyser inom kliniska frågeställningar. Vår tvärvetenskapliga verksamhet på Klinisk Kemi, vid institutionen för Medicinska vetenskaper, är förlagd på Akademiska sjukhuset. Vi har dessutom en mycket hög kompetens inom AI och djupinlärande metoder och hur dessa kan användas för att möjliggöra individanpassade behandlingsformer i framtidens vård. Arbetsuppgifter   Du kommer att arbeta i forskningsprojekt som använder avancerade statistiska modeller och maskininlärning för att analysera komplexa biomedicinska data, inklusive masspektrometri-data och registerdata (t.ex. elektroniska journaldata). Arbetsuppgifterna innefattar förbehandling, kvalitetskontroll och analys av olika typer av högdimensionella data. Du kommer att samverka i avancerade statistiska analyser för att studera samband mellan biomarkörer, miljöfaktorer och sjukdomsutfall/förlopp, samt visualisera och tolka resultat. Beroende på din bakgrund kan arbetet även inkludera analys av register- och journaldata samt utveckling och tillämpning av maskininlärningsmetoder. I arbetet ingår även att dokumentera arbetsflöden och analysresultat i enlighet med god forskningssed. Vidare förväntas det att du är behjälplig i statistiska analyser inom andra projekt i gruppen. Du förväntas aktivt delta i forskningsmöten och samarbeta både inom den egna forskargruppen och med externa samarbetspartners. Kvalifikationskrav Doktorsexamen inom bioinformatik, miljömedicin eller en utländsk examen som bedöms som relevant. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Minst 5 års dokumenterad erfarenhet av förbehandling och kvalitetskontroll av masspektrometri-data Dokumenterad erfarenhet av arbete med oriktad masspektormetridata Dokumenterad erfarenhet av masspektrometribaserad dataanalys och metabolitidentifiering samt användning av verktyg såsom OpenMS och SIRIUS Erfarenhet av statistiska analyser av masspektrometri-data med fokus på metabolik och exposomanalyser, inklusive regressionsmodeller och överlevnadsanalyser Minst 5 års dokumenterad erfarenhet av programmering med R eller Python Erfarenhet av att analysera samband mellan exponeringar, registerdata, och sjukdomsutfall i epidemiologiska studier Erfarenhet av undervisning och handledning av studenter Erfarenhet av att skriva vetenskapliga artiklar samt ansökan om forskningsanslag Minst en publicerad artikel som första författare med så kallad 5-år Impakt faktor över 15 Mycket god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på engelska, inklusive vetenskaplig documentation   Önskvärt/meriterande i övrigt Erfarenhet av arbete inom kliniknära forskningsprojekt, särskilt projekt som involverar hantering och analys av patientdata  Erfarenhet av arbete med programvaran TraceFinder för detektion och kvantifiering av specifika ämnen Erfarenhet av att skapa och dokumentera reproducerbara analysflöden Erfarenhet av datahantering av stora datamängder Erfarenhet av att arbeta med enkätdata samt data från elektroniska journaler Mycket god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på svenska Erfarenhet av mixanalyser (quantile G-computation och WQS), överlevnadsanalyser (Cox proportional hazard model), regressionsmodeller, samt mediatoranalyser Erfarenhet av avancerad dataanalys, inklusive GitHub, Docker/Singularity, Nextflow, maskininlärnings- och djupinlärningsmodeller såsom grafneurala nätverk, LSTM, Transformers och CNN:er, samt metoder för conformal prediction och explainable AI. Om anställningen  Anställningen är tidsbegränsad i två år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen är heltid. Tillträde 261001ellerenligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala Upplysningar om anställningen lämnas av: Forskningsledare Kim Kultima (Kim.Kultima@medsci.uu.se) och doktor Ida Erngren (Ida.Erngren@uu.se) Välkommen med din ansökan senast den 28 juli 2026, UFV-PA 2026/2345. Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/ Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd. Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Fackliga företrädare: Saco-S - saco-s@uu.se, Seko - seko@uadm.uu.se, ST (OFR/S) - ofr@uu.se

Beskrivning av arbetsplatsen Anställningen är placerad vid avdelningen för bioteknik och teknisk mikrobiologi vid Institutionen för processteknik och tillämpad biovetenskap, LTH, Lunds universitet. Här bedrivs forskning och utbildning inom mikrobiologi, bioinformatik och tillämpad bioteknik. Du kommer att ingå i en forskningsmiljö med nära handledning och samarbete kring dataintensiva frågeställningar inom mikrobiom och antibiotikaresistens. Arbetsplatsen finns på Kemicentrum i Lund och arbetet sker i nära samverkan med forskare med kompetens inom bioinformatik, mikrobiologi och beräkningsmetoder. Anställningen finansieras av ett externt projekt från Crafoordstiftelsen och syftar till att etablera en ny forskningslinje kring spårning av antimikrobiell resistens på stamnivå med hjälp av metagenomikdata. Projektet omfattar metodutveckling, pilotanalyser och benchmarking som underlag för framtida större ansökningar. Vi arbetar strukturerat med handledning, dokumentation och reproducerbara arbetsflöden och eftersträvar en inkluderande arbetsmiljö med goda möjligheter till lärande och kompetensutveckling. Vi erbjuder Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Hos oss får du möjlighet att arbeta i gränslandet mellan bioinformatik, mikrobiologi och metodutveckling i ett växande forskningsområde. Du får tillgång till handledning, etablerade analysmiljöer samt möjlighet att arbeta med storskaliga data i Linux- och HPC-miljö. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss. Arbetsuppgifter och ansvarsområden Som projektassistent kommer du att arbeta med behandling och kvalitetskontroll av större metagenomikdataset, köra etablerade bioinformatiska arbetsflöden för detektion av antimikrobiell resistens, organisera och dokumentera analysflöden samt bidra till pilotanalyser, benchmarking och metodutveckling inom projektet. Arbetet sker i nära samarbete med ansvarig forskare. Kvalifikationer Krav för anställningen är: Du har högre utbildning inom relevant ämnesområde, till exempel bioinformatik, bioteknik, databiologi eller motsvarande område. Du har god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift. Du har goda kunskaper i bioinformatik, beräkningsbiologi eller närliggande område. Du har erfarenhet av analys av metagenomikdata eller närliggande omikdata. Du är analytisk, noggrann, självgående och har god samarbetsförmåga. Du har erfarenhet av Linux, skriptning och arbete i HPC-miljö. Meriterande för anställningen är: Det är meriterande om du har kunskap om mikrobiomforskning, AMR-detektion eller relaterade bioinformatiska verktyg. Det är meriterande om du har erfarenhet av reproducerbara analysflöden, versionshantering och dokumentation av pipelines. Det är meriterande om du har ytterligare utbildning eller kurser inom mikrobiologi, statistik eller data science. Det är meriterande om du har ett tydligt intresse för metodutveckling och strukturerat arbete med stora datamängder. Det är meriterande om du har erfarenhet av benchmarking av bioinformatiska metoder och arbete med offentliga sekvensdatabaser. Hänsyn kommer att tas till hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka det administrativa arbetet inom avdelningen/institutionen samt bidra till dess framtida utveckling. Övrigt Anställningen är en särskild visstidsanställning under 6 månader med omfattningen 100 procent, med tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Anställningen är knuten till ett externt finansierat forskningsprojekt. Placering är vid Kemicentrum i Lund. Så här söker du Ansökan ska innehålla CV och personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan bör även innehålla utbildningsintyg, kursintyg, examensbevis eller motsvarande dokumentation samt övrigt som du önskar åberopa, till exempel kopior av betyg, uppgifter till referenser eller rekommendationsbrev. Välkommen med din ansökan! LTH – Lunds Tekniska Högskola – är en del av Lunds universitet. På LTH utbildar vi människor, bygger kunskap för framtiden och arbetar hårt för att utveckla samhället. Vi skapar utrymme för briljant forskning och inspirerar till kreativ utveckling av teknik, arkitektur och design. Här läser närmare 12 000 studenter. Varje år publicerar våra forskare – varav många verkar inom världsledande profilområden – omkring 100 avhandlingar och 2 000 vetenskapliga rön. En rad forskningsresultat och studentarbeten förädlas till innovationer. Tillsammans utforskar och skapar vi – till nytta för världen. Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.