
LUNDS UNIVERSITET · Malmö
Som bioinformatiker vid enheten Exodiab ansvarar du för att utveckla och hantera avancerade analysflöden för komplexa biologiska omikdata samt ge expertstöd till forskare vid LUDC.
Som bioinformatiker vid enheten Exodiab ansvarar du för att utveckla och hantera avancerade analysflöden för komplexa biologiska omikdata samt ge expertstöd till forskare vid LUDC.
Beskrivning av arbetsplatsen
Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetescentrum med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi. LUDC har stora unika biobanker och databaser med helgenomsdata länkade till nationella register med data om sjukdomsuppkomst och -förlopp, samt till register med data om behandling och behandlingsrespons. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoderna och metabolomik.
Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Den sökande som anställs (bioinformatikern) kommer att ingå i enheten för bioinformatik vid LUDC, som innefattar två bioinformatiker, en biostatistiker, en data manager, en dataingenjör och en IT-data manager (LUDC Bioinformatics Unit | LUDC). Enheten tillhandahåller bioinformatik, biostatistik och computational support till alla som är anslutna till LUDC, samt tillgång till en datormiljö med hög prestanda. Supporten omfattar delaktighet i både långsiktiga forskningsprojekt och mindre omfattande projekt, samt att vara tillgänglig för konsultationer, frågor och vägledning inom ramen för olika LUDC-projekt.
Du kommer att hantera förfrågningar och leverera kort- och långsiktiga bioinformatiklösningar till forskare vid LUDC som inte är bioinformatiker och måste kunna kommunicera effektivt med personer som inte är experter på området och planera/fördela sin tid mellan flera olika projekt. Bioinformatikern kommer att bidra till förberedandet av manuskript med state-of-the-art-analyser och bilder/grafer av publikationskvalitet.
Bioinformatikern kommer att vara involverad i alla aspekter som ingår för utveckling, implementering och hantering av bioinformatics/computational pipelines för varierande typer av data, inklusive men inte begränsat till genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, samt kliniska data och metadata. Vi förväntar oss även att bioinformatikern oberoende följer utvecklingen i bioinformatikfältet, för att kunna förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar för hur man bäst använder tillgängliga data och resurser.
En annan viktig del av det arbete som bioinformatikern kommer att utföra omfattar kvalitetskontroll, bearbetning och analys av data för Human Tissue Laboratory (HTL), en mycket viktig resurs för LUDC-forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser av dessa material vilka är tillgängliga för kollegor vid LUDC och Uppsala universitet.
Den sökande förväntas även delta i utbildningen av och ge support till LUDC:s personal och forskare vid valet och användningen av bioinformatikverktyg.
PhD i bioinformatik, matematik, molekylärbiologi, statistik, datavetenskap eller annat närliggande fält.
bevisad erfarenhet av att tillämpa kvantitativa metoder på dataanalysuppgifter, samt erfarenhet av programmering och computing cluster.
praktisk erfarenhet av att hantera, analysera och annotera olika typer av omikdata från högkapacitetstekniker, såsom single-cell-, bulk- och spatial RNA-sekvensering, ChIP-seq, CUT&RUN, DNA-metyleringsanalyser, eQTL-kartläggning och immunrepertoarsekvensering, både i explorativa analyser och i standardiserade analysflöden.
färdighet i R och kunskap och erfarenhet från BASH/UNIX.
erfarenhet av biostatistik samt maskininlärningsalgoritmer och ramverk (t.ex. scikit-learn, Keras och TensorFlow).
erfarenhet av dataanalys och datautvinning för att identifiera trender och producera betydelsefulla datavisualiseringar. Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga databaser med biologiska data.
mycket kapabel att samarbeta i tvärvetenskapliga team, som kan inkludera laboratorieforskare, läkare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker och dataanalytiker.
vi kommer även att överväga personliga egenskaper där självmotiverade och flexibla individer, som klarar av att arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt och att prioritera och möta deadlines, kommer att prioriteras.
dokumenterad muntlig och skriftlig utmärkt färdighet i kommunikation på engelska.
erfarenhet av att arbeta med reproducerbara forskningsverktyg såsom R Markdown/Quarto, Git, Conda, Snakemake eller andra arbetsflödesspråk och containerbaserade lösningar.
erfarenhet av artificiell intelligens (AI), maskininlärning och djupinlärning för analys av biologiska och biomedicinska data.
GitHub-profil med kodexempel är fördelaktigt.
erfarenhet av något annat programmeringsspråk (t.ex. Python, Java, Perl).
erfarenhet av att arbeta med multi-omics dataintegration.
erfarenhet av analys av metagenomik- och (fosfo)proteomikdata.
utmärkta kommunikationsegenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga föredrag och posterpresentationer.
erfarenhet av utbildning och/eller undervisning.
erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö.
Övrigt
Anställningen är tillsvidareanställning på 100 %, med tillträde 1 oktober 2026 eller enligt överenskommelse. Provanställning i sex månader kan komma att tillämpas.
Så här söker du
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.
Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan
Öppen för alla
Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov.
Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor. Beskrivning av arbetsplatsenSciLifeLab (www.scilifelab.se), som grundades 2010, är ett nav för life science-forskning i Sverige och ett samarbete mellan svenska universitet. Den anställde kommer att arbeta vid SciLifeLab Data Centre (DC), som ansvarar för IT-frågor och forskningsdatahantering för SciLifeLabs teknologiplattformar och andra SciLifeLab-organiserade program och aktiviteter, bl.a. det nationella forskningsprogrammet för datadriven livsvetenskap (DDLS). Vi har ett nationellt uppdrag och driver tjänster för livsvetenskapliga data och e-infrastruktur, men även frågor om FAIR, öppen vetenskap och datadriven forskning, i stark samverkan med nationella och internationella aktörer. Hos oss har du möjlighet att aktivt påverka hur IT integreras i framtidens hälso- och miljöforskning, och arbeta för öppenhet, reproducerbarhet och största möjliga vetenskapliga genomslag för de stora mängder forskningsdata som genereras i fältet. Du kommer att arbeta med forskare, dataingenjörer, data stewards, och systemutvecklare i ett snabbt växande, dynamiskt och progressivt team med en ledande roll i landet. Anställningen är placerad vid Lunds universitet, inom SciLifeLab Lunds organisatoriska enhet med rapportering i linjen direkt till dess föreståndare. Arbetet leds av föreståndaren för SciLifeLab Data Centre. Arbetsuppgifter och ansvarsområdenSciLifeLab Data Centre (DC) söker en chef för vårt verksamhetsområde för vetenskapliga datatjänster. Området anställer idag ca 20 systemutvecklare och dataingenjörer med placering vid ett flertal av våra partneruniversitet, som fokuserar på utveckling, drift och support av datatjänster med vetenskapligt och bioinformatiskt innehåll, t.ex. för AI-modeller och beräkningsapplikationer, FAIR delning av forskningsdata för infektionssjukdomar, biodiversitet, bilddata, cell- och molekylärbiologi etc. Tjänsterna utvecklas baserat på behov från SciLifeLabs användare och som en del av SciLifeLab Data Centres uppdrag som digital infrastruktur. Arbetet vänder sig mot användare inom nationell infrastruktur såväl som vid programmet för Data-Driven Life Science (DDLS) och svenska life science-forskare i allmänhet. Ett fokus för kommande år är att bygga upp gemensamma integrativa tjänster för multimodala data genererade vid SciLifeLabs infrastrukturplattformar. Som chef för området kommer du att ansvara för personal- och ekonomifrågor för verksamhetsområdet, ingå i vår ledningsgrupp, och samordna arbetet inom området med andra verksamhetsområden vid DC. Detta inkluderar t.ex. områden för forskningsdatahantering, IT och tjänsteförvaltning. Du kommer även att ha en nyckelroll för DC’s strategiska arbete inom SciLifeLab för digital infrastruktur, och inom vårt samverkansarbete gentemot universitetsförvaltning, andra nationella infrastrukturer (t.ex. NAISS, SUNET och SND) samt internationella partners (t.ex. EMBL, CSC, CERN och VIB). DC har en starkt forskningsdriven verksamhet och du kommer särskilt att utveckla denna del hos oss. Du förväntas ha lång och internationell erfarenhet som chef och forskare vid infrastrukturer för bioinformatik och life science, och kunna ta en aktiv och drivande roll för att utveckla och leda verksamhet och organisation inom DC. Du behöver ha en stark egen erfarenhet som forskare. En hög förmåga till samverkan och kommunikation krävs både som en del av ledningen, gentemot samarbetspartners, och mot användargrupper. Placering är vid Lunds Universitet, och du kommer att särskilt utveckla DC’s nationella samverkan i Lund och södra Sverige, men din roll är ett tydligt nationellt uppdrag som chef och kräver god närvaro och förmåga att leda en nationellt distribuerad verksamhet. Kvalifikationer Krav för tjänsten: Du ska ha doktorsexamen inom relevant ämne, och minst tio års erfarenhet som chef med personal- och budgetansvar och strategiarbete vid internationell infrastruktur inom life science eller bioinformatik. Dokumenterad flerårig erfarenhet av egen forskning inom life science/bioinformatik Dokumenterad erfarenhet av storskalig datahantering, högpresterande beräkningssystem (HPC), GPU-acceleration samt parallella filsystem Dokumenterad erfarenhet att leda personal och verksamhet för bioinformatikstöd och utveckling av bioinformatiska tjänster och verktyg Dokumenterad erfarenhet att säkra konkurrenssatt finansiering för egna projekt, samt driva dessa som PI Dokumenterad erfarenhet av träning och utbildning av forskare och teknisk personal inom life science Dokumenterad erfarenhet i egen roll som systemutvecklare med erfarenhet av teknologier för containerisering, t.ex Docker Mycket god förmåga att kommunicera obehindrat på engelska, i tal och skrift Önskvärt/meriterande i övrigt Kunskap om eller intresse för svensk biomedicinsk forskning och infrastruktur Erfarenhet av att arbeta med Scrum eller liknande agila metoder Erfarenhet av strategiutveckling för digital infrastruktur Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Den sökande ska ha mycket god samarbetsförmåga, initiativförmåga och goda kommunikativa kvaliteter, samt kunna visa aktiv kompetensutveckling relevant för arbetsbeskrivningen. Som person bör du vara flexibel, kreativ och serviceinriktad. Du bör även vara kvalitetsmedveten samt mål- och resultatinriktad. Övrigt Anställningen är tillsvidare på heltid med önskat tillträde den 2026-09-01 eller enligt överenskommelse. Provanställning under 6 månader kan komma att tillämpas. Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter.Ansökan ska även innehålla CV eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis.) Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.
Vi vill till enheten för Klinisk patologi och genetik rekrytera sjukhusgenetiker eller bitr. sjukhusgenetiker. Klinisk genetik i Örebro startades under 2022, och vi har lyckats lägga en bra grund med stor utveckling på labb samt inrättande av mottagningsverksamhet. Vi har stora möjligheter att bygga bra flöden från grunden och kan utveckla och implementera den genetiska diagnostiken med ett nära samarbete med övriga kliniker i Regionen. Arbetsuppgifter Du kommer att arbeta tätt i ett team med specialister, ST-läkare, genetiska vägledare, sjukhusgenetiker, bitr. sjukhusgenetiker, BMA, molekylärbiologer och bioinformatiker. Som sjukhusgenetiker besvarar du självständigt diagnostiska genetiska analyser, både ärftliga- samt förvärvade sjukdomar samt är delaktig i laboratoriets drift. För närvarande används primärt massiv parallellsekvenseringsteknik för exomsekvensering och riktade paneler, även MLPA utförs. Ytterligare molekylära metoder och nya tekniker inom den molekylärgenetiska diagnostiken kan komma att bli aktuella framöver. Vår enhet är forskningstät och verksamhetsutveckling är en naturlig del av arbetet. Möjlighet finns att parallellt med det kliniska arbetet bedriva egenfinansierad forskning eller delta aktivt i andras forskningsprojekt. Hos oss får du arbeta i ett positivt gäng där vi tillsammans tar oss an utmaningar och förändringar. Kvalifikationer Examinerad sjukhusgenetiker med praktisk erfarenhet av klinisk molekylär diagnostik, och erfarenhet att besvara genetiska analyser, alternativt disputerad molekylärbiolog/biomedicinsk analytiker med betydande erfarenhet av genetisk diagnostik. Erfarenhet av MPS/NGS, bioinformatiska analyser samt validerings- och kvalitetsarbete vid genetiska analyser är meriterande. Svenska språknivå C1, alternativt norska eller danska. Vi fäster stor vikt vid att du har ett gott bemötande samt service- och ansvarskänsla. Ansökan Ansökan ska innehålla CV och personligt brev. Intyg, betyg, examensbevis med mera ska lämnas vid en eventuell intervju. Om du är eller tidigare varit anställd i Region Örebro län kommer vi ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning. Kontroll av registerutdrag från Polismyndigheten kan komma att ske enligt aktuell lagstiftning. Som anställd i Region Örebro län omfattas du av trygga kollektivavtal. Läs mer om villkor och förmåner. Vi sätter löner individuellt och differentierat. Läs mer om lön och lönestatistik. Vi krigsplacerar våra tillsvidareanställda och i vissa fall även visstidsanställda. Läs mer om vad det innebär. Om verksamheten Verksamhetsområde laboratoriemedicin har ett samlat ansvar för den laboratoriemedicinska service som bedrivs vid laboratorierna inom Universitetssjukhuset Örebro, Karlskoga lasarett och Lindesbergs lasarett. Vi driver en bred verksamhet inom områdena klinisk kemi, bakteriologi, virologi, immunologi, transfusionsmedicin inklusive terapeutisk plasmaferesbehandling, patologi, cytologi och molekylärgenetik. Inom verksamhetsområdet ryms även Sterilteknik. Här arbetar närmare 300 personer med rutindiagnostik, forskning och utveckling samt utbildning. Universitetssjukhuset Örebro (USÖ) är ett av länets tre akutsjukhus där vi bedriver avancerad sjukvård, forskning och utbildning. Både 2020 och 2019 mottog USÖ tidningen Dagens Medicins prestigefyllda utmärkelse Bästa universitetssjukhus. USÖ vann den tyngsta kategorin medicinsk kvalitet, hade bästa resultat i kategorin tillgänglighet, ekonomi, samt kategorin att undvika trycksår och överbeläggningar. USÖ toppar också resultatet i områdena hjärta, njursvikt och kärlkirurgi. USÖ har cirka 3500 anställda. Vi som arbetar här är mycket stolta över vårt sjukhus och bygger vårt arbete på samarbete, utveckling och professionalism. Region Örebro län är en av länets största arbetsgivare. Tillsammans med 11 000 kollegor kan du skapa ett bättre liv för de vi finns till för. Hos oss finns meningsfulla och samhällsviktiga jobb där du kan göra skillnad i invånarnas vardag, hälsa och livskvalitet. Dygnet runt, året om, ansvarar vi för hälso- och sjukvård, tandvård och länets kollektivtrafik. Vi har också det regionala utvecklingsansvaret i länet och ett uppdrag att bidra till kulturlivet. Övrig information Välkommen med din ansökan! Vi har gjort vårt medieval för denna rekrytering och undanber oss därför erbjudanden om annonserings- och rekryteringshjälp i samband med denna annonsering.
Vill du vara med och stärka rättssäkerheten? På Rättsmedicinalverket samarbetar experter inom rättsmedicin, rättskemi, rättsgenetik och rättspsykiatri för att ge rättsväsendet svaren de behöver. Varje detalj kan vara avgörande, och oavsett om du arbetar direkt med analyser och utredningar eller i en stödjande roll, bidrar du till ett rättssäkert samhälle. Nu söker vi en forskningsassistent med intresse för fortsatt forskarutbildning till den rättsgenetiska laboratorieenheten i Linköping. Enheten består av ca 15 personer som tillsammans arbetar med att genomföra rättsgenetiska undersökningar samt bedriva forskning för rättsgenetiska tillämpningar. Dina arbetsuppgifter Som forskningsassistent deltar du i forskningsprojekt som syftar till att utveckla nya statistiska metoder för analys av lågkvalitativ DNA-data inom rättsgenetiska frågeställningar. Aktuella projekt fokuserar exempelvis på probabilistisk modellering av osäkerheter i sekvenserings-baserade DNA-analyser, och hur information från DNA-data med låg täckningsgrad bättre kan utnyttjas i exempelvis rättsgenetiska identifierings- och släktskapsutredningar. Arbetet omfattar bland annat programmering, statistisk dataanalys, simuleringar och utveckling av analysmetoder för genetiska data. Tjänsten är särskilt lämplig för den som är intresserad av fortsatt vetenskapligt arbete och forskarutbildning inom rättsgenetik, statistisk genetik eller bioinformatik. Kvalifikationer Akademisk examen, till exempel civilingenjörsexamen, om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 hp på avancerad nivå, inom exempelvis bioinformatik, statistisk dataanalys, matematisk statistik, biostatistik, genetik, datavetenskap eller annat närliggande område som arbetsgivaren bedömer relevant, alternativt motsvarande kunskaper som förvärvats på annat sätt. Dokumenterad erfarenhet av programmering och statistisk databehandling, exempelvis i R eller Python. Mycket god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på såväl svenska som engelska. Meriterande Erfarenhet av analys av genetiska data samt arbete i Linux/Unix-miljö. Goda kunskaper inom statistik, dataanalys eller probabilistisk modellering. Personliga egenskaper och förmågor Vi söker dig med ett starkt intresse för forskning inom rättsgenetik, bioinformatik, statistisk modellering eller närliggande områden. Du ska vara initiativtagande, strukturerad och självgående med förmåga att på sikt driva ett forskningsprojekt. Du har också god samarbetsförmåga, social kompetens samt förmåga att kommunicera och samarbeta i forskningsmiljö. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet, motivation för forskningsarbete samt goda studieresultat och tidigare relevanta akademiska eller professionella erfarenheter. Vi fäster stor vikt vid dina personliga egenskaper. Anställningen Anställningen är en visstidsanställning på 100 % under sex månader med möjlighet att därefter söka doktorandanställning inom projektet. Tillträde sker enligt överenskommelse. Placering i Linköping. Rättsmedicinalverket tillämpar individuell lönesättning. RMV är en del av rättskedjan och vi ställer höga krav på medarbetarnas omdöme och säkerhetstänkande samt respekt för lag och ordning. Som företrädare för Rättsmedicinalverket följer du den statliga värdegrunden och bidrar genom ditt sätt att agera till rättssäkerhet, rättstrygghet och förtroende för myndigheten. Vi genomför en bakgrundskontroll för vissa av våra anställningar genom att kontrollera utdrag ur belastningsregister. I samband med anställning vid RMV kan följa en skyldighet att krigsplaceras. Befattningen kan komma att bli inplacerad i säkerhetsklass och en säkerhetsprövning med registerkontroll kan därmed komma att genomföras under anställningen. Vi tillämpar en kompetensbaserad rekryteringsprocess där det kan förekomma arbetspsykologiska tester, kunskapsprov eller arbetsprov. Inför anställning av legitimerad hälso- och sjukvårdspersonal utförs kontroller med Socialstyrelsen och Inspektionen för vård och omsorg. Vill du också vara med och bidra till ett rättssäkert samhälle? Välkommen med din ansökan senast den 31 juli. Betyg och övriga handlingar tas med vid en eventuell intervju. Om du har skyddade personuppgifter kontakta nedan angiven chef. Rättsmedicinalverket värnar om en rekrytering fri från diskriminering och verkar för att ge lika rättigheter och möjligheter. Vill du veta mer? För mer information är du välkommen att kontakta Cajsa Älgenäs, tfn 010-483 41 51. Våra fackliga företrädare nås via vår växel tfn: 010-483 41 00. Facklig företrädare för Saco är Maritha Torkildsen Nilsson, för ST/OFR Selma El Hadi, och för Seko Christer Johansson. Läs gärna om våra förmåner: https://www.rmv.se/om-oss/jobba-hos-oss/att-jobba-pa-rattsmedicinalverket/formaner-hos-oss/ Vi är den medicinska länken i rättskedjan. Här jobbar rättsläkare, utredare, rättsmedicinska assistenter, biomedicinska analytiker, administratörer och många fler på uppdrag av bland andra polis, åklagare och domstol. Här kan du möta några av våra medarbetare: https://www.rmv.se/om-oss/jobba-hos-oss/vara-medarbetare/ Avdelningen för rättsgenetik och rättskemi (RG/RK) analyserar prover för att bland annat identifiera avlidna, fastställa faderskap och för att spåra och fastställa koncentration av alkohol, narkotika, läkemedel och dopingpreparat. Avdelningen är placerad i Linköping och består av fyra enheter: rättsgenetiska laboratorieenheten, rättskemiska laboratorieenheten, utredningsenheten och enheten för verksamhetsstöd. Det här gör vi: Rättsgenetik - Rättsmedicinalverket (rmv.se)