Senior bioinformatiker till GMCK

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens. Du bidrar till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet. I rollen kommer du bland annat att: - bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden - analysera patientprover inom interna och externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt. - bidra med expertis inom dataanalys i bioinformatiska utvecklingsprojekt. - bistå vår våtlabbsenhet med expertis inom dataanalys vid implementering av nya tekniker och metoder. - delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde. - delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS). Vi söker dig som - är noggrann, strukturerad och har hög ansvarskänsla för kliniska leveranser. - har en stark analytisk förmåga och nyfikenhet på nya tekniker inom genomik. - har en god kommunikativ förmåga och trivs i gränssnittet mellan bioinformatik och medicinsk diagnostik. - har ett engagemang för kvalitet och trivs med att samverka i grupp.

Kvalifikationer

Krav:

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område. - Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplat till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS). - Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R) - Vana att arbeta i Linuxmiljö - Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM - Goda kunskaper inom statistik, analys och testdesign - Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt Meriterande:
• Doktorsexamen (PhD) inom relevant område. - Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö, nära genetik eller patologi, eller inom annan ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189). - Erfarenhet av containerteknologier (t.ex. Singularity, Docker) - Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod - Kunskap i versionshantering (Git) - Erfarenhet inom utveckling av bioinformatiska analyser med Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser - Erfarenhet av utveckling och arbete i kvalitetssäkrade miljöer - God förståelse för human genomik kopplat till sällsynta diagnoser eller somatiska sjukdomar - Fördjupade kunskaper inom design och validering av breda genetiska paneler. - Goda kunskaper i svenska i tal och skrift. Om rekryteringsprocessen Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden. I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett. Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!