Doktorand i epigenetik och kromatindynamik

Beskrivning av arbetsplatsen Laboratoriet för epigenetik och kromatindynamik vid Institutionen för experimentell medicinsk

vetenskap (Medicinska fakulteten) bedriver forskning om den epigenetiska regleringen av repetitiva och transposabla genetiska

element – så kallad ”genomisk mörk materia” – vid mänsklig hjärnutveckling och sjukdom. Gruppen består av åtta forskningsaktiva

medlemmar och leds av Dr. Christopher Douse. Vi fascineras av hur dessa bristfälligt utforskade delar av det mänskliga genomet

bidrar funktionellt till mänsklig neurobiologi och neurologiska sjukdomar. Vårt arbete integrerar avancerade metoder inom både

experimentell forskning (”wet lab”) och bioinformatisk analys (”dry lab”). Mer information finns Här. Som arbetsplats värnar vi om

en god arbetsmiljö, präglad av respekt och hänsyn i våra relationer till varandra. Vi arbetar utifrån följande kärnvärderingar:

Equity – alla i gruppen är värdefulla och bidrar, och det finns inga dumma frågor. People-centric – vårt arbete bygger på

samarbete, och vi kommunicerar öppet med varandra, det vetenskapliga samfundet och omvärlden. Integrity – vi tar inga genvägar och

lägger stor vikt vid reproducerbarhet och noggrannhet i våra data. Curiosity – vi är ödmjuka inför det vi ännu inte vet, söker

aktivt återkoppling och är öppna för nya idéer. Diversity – vi bedriver bättre forskning när vi har en mångfald av bakgrunder och

vetenskaplig expertis. Projektbeskrivning För närvarande fokuserar vi särskilt på tre typer av element som är repetitiva på olika

sätt, men som förenas av sin betydelse för den mänskliga hjärnans funktion och sjukdomar: klustrade protocadherin-gener,

virusliknande sekvenser som kallas retrotransposoner, samt CGG-mikrosatelliter (tandemupprepningar). I samtliga fall finns

betydande kunskapsluckor gällande den epigenetiska kontrollen och påverkan av dessa element. Vilka faktorer binder till och

reglerar dessa repetitiva element i neurala cellinjer? Hur påverkar de funktionellt epigenomet, den lokala transkriptionsdynamiken

och sjukdomsrelaterade egenskaper? För att besvara dessa frågor kommer vi att kombinera kromatinbiokemi och banbrytande

funktionell epigenomik med avancerade neurala cellmodeller och skräddarsydda bioinformatiska analyser. På så sätt kommer vi att

upptäcka ny, grundläggande mänsklig neurobiologi och få välbehövliga insikter om de mekanismer som ligger till grund för

neurologiska sjukdomar kopplade till repetitiva element. Detta doktorandprojekt kommer att kombinera kromatinbiokemi med

funktionell (epi)genomik i stamcellsmodeller av den mänskliga hjärnan. Projektet kräver en balans mellan experimentellt

laboratoriearbete (”wet lab”) och bioinformatiska analyser (”dry lab”). Doktoranden kommer specifikt att använda följande metoder:

• Stamcellsodling (iPSC:er, 2D- och 3D-kulturer av neurala progenitorceller) - RNA-seq, CUT&RUN/Tag, Oxford

Nanopore-sekvensering (cDNA, DiMeLo-seq) samt tillhörande bioinformatiska analyser - Co-immunoprecipitation och/eller proteomik

baserad på närhetsmärkning (proximity labelling) Vi erbjuder Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får

särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos

oss Jobba hos oss Arbetsuppgifter och ansvarsområden Huvudarbetsuppgifterna för en doktorand är att ägna sig åt sin

forskarutbildning och därför kommer du både vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet. Utöver dina

heltidsstudier på forskarnivå kan du komma att delta i handledning av kandidat- eller masterstudenter.

Kvalifikationer

Krav för

antagning är: - avlagd examen på avancerad nivå, fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60

högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper -

förmåga att tillgodogöra sig utbildningen på forskarnivå Krav för anställningen är: - erfarenhet av funktionell (epi)genomik

och/eller kromatinbiokemi - erfarenhet av stamcellsodling och differentieringsmodeller - ett tydligt visat intresse för repetitiva

delar av genomet, hos människa eller modellorganismer, genom tidigare erfarenhet eller såsom beskrivet i personligt brev eller vid

intervju - mycket goda kunskaper i molekylärbiologi och molekylärgenetik - mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift - god

analytisk förmåga samt ett självständigt och problemlösningsorienterat arbetssätt - ett öppet och samarbetsinriktat

förhållningssätt till forskning, i linje med forskargruppens värderingar som beskrivs ovan Meriterande för anställningen är: - ett

välorganiserat och självgående arbetssätt - erfarenhet av long-read-sekvensering - erfarenhet av proteinbiokemi - erfarenhet av

att arbeta tillsammans med andra i ambitiösa forskningsprojekt - förmåga att ta emot konstruktiv återkoppling samt en vilja att

utvecklas och lära under forskarutbildningen Övrigt Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§. Startdatum den 1

december 2026 eller enligt överenskommelse. Så här söker du Ansökan ska innehålla ett personligt brev som motiverar ditt intresse

för tjänsten och hur det matchar dina kvalifikationer. Ansökan ska även innehålla ett CV, examensbevis eller motsvarande och alla

andra dokument som du vill uppmärksamma (kopior av betygsutskrifter, uppgifter om referenter, rekommendationsbrev, etc.)

Kandidater kommer att övervägas löpande under ansökningsperioden. Om Medicinska fakulteten