Doktorand i medicinsk vetenskap, AI och bioinformatik vid BKV

Projektet syftar till att utveckla AI-baserade foundation models för integrerad analys av single-cell- och multi-omics-data för

att bättre förstå hur molekylära och cellulära processer samordnas mellan celler, vävnader och organsystem vid hälsa och sjukdom.

Du kommer att ansvara för att utveckla och tillämpa avancerade metoder inom AI och bioinformatik på storskaliga single-cell- och

multi-omics-data. Projektet kommer att fokusera på att integrera dessa data för att studera cellulär och vävnadsspecifik

signalering, molekylär kommunikation och systemiska molekylära nätverk, samt hur dessa processer förändras mellan fysiologiska

tillstånd och sjukdomstillstånd. Genom detta arbete kommer du att utveckla prediktiva och biologiskt tolkbara modeller som kopplar

samman molekylära mönster på flera nivåer av människans biologi.

Projektet ligger i gränslandet mellan artificiell intelligens, beräkningsbiologi, systemmedicin och precisionshälsa och innebär

nära samarbete med forskare inom både beräkningsvetenskapliga och biomedicinska områden. Utöver projektets huvudsakliga inriktning

kommer du att få möjlighet att utveckla relaterade forskningsfrågor utifrån dina egna intressen och nya resultat som framkommer

under projektets gång. Du kommer därigenom att utveckla bred kompetens inom AI och multi-omics-analys samt växa som självständig

forskare inför en framtida karriär inom akademi, bioteknik eller datadriven precisionsmedicin.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa

eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20 procent av heltid.

Du har avlagt examen på avancerad nivå inom AI, bioinformatik, systembiologi eller ett närliggande område, eller fullgjort

kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. Alternativt har du på annat sätt

förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

• God programmeringsförmåga och starka kvantitativa färdigheter, särskilt i Python och/eller R.
• Erfarenhet av deep learning, maskininlärning eller analys av storskaliga omics-data.
• Hög grad av motivation och självständighet, god problemlösningsförmåga samt förmåga att samarbeta i en tvärvetenskaplig

forskningsmiljö.

• Förmåga att kommunicera obehindrat på engelska, både muntligt och skriftligt.

• Erfarenhet av foundation models, transformers, generativa modeller eller representation learning.
• Erfarenhet av analys av storskaliga single-cell-omics-data.
• Erfarenhet av integrativ analys av multi-omics-data, exempelvis genomik, proteomik eller metabolomik.
• Erfarenhet av relevanta ramverk för maskininlärning, exempelvis PyTorch, samt högpresterande beräkningsmiljöer (HPC).
• Kunskap inom molekylär- och cellbiologi, systembiologi eller precisionsmedicin.

Till ansökan ska även bifogas en forskningsplan där du beskriver hur din bakgrund, dina färdigheter och dina forskningsintressen

gör dig lämpad för projektet om AI foundation models för integrerad single-cell- och multi-omics-analys. Beskriv också i

forskningsplanen kortfattat en forskningsfråga eller forskningsinriktning inom AI, single-cell-biologi, multi-omics eller

systemmedicin som du skulle vara intresserad av att utforska under din doktorandutbildning.

Du kommer att vara anställd i forskargruppen som leds av Universitetslektor Wen Zhong, fellow inom det svenska nationella

programmet för Data-Driven Life Science (DDLS). Forskargruppen är placerad vid Avdelningen för cell- och neurobiologi (CNB),

Institutionen för biomedicinska och kliniska vetenskaper (BKV), Linköpings universitet.

Forskargruppen fokuserar på integrativ multi-omics, samspelet mellan genetisk variation och mänskliga fenotyper samt utveckling av

AI-drivna metoder för att bättre förstå människans biologi och sjukdomar och omsätta dessa kunskaper i datadrivna strategier för

precisionshälsa.

I samband med att du antas till forskarutbildningen handläggs din anställning som doktorand. Läs mer om respektive fakultets

forskarutbildning här.

Anställningen är tidsbegränsad till normalt fyra år heltid. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av

undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. Du anställs till en början på ett år,

och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan.

Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast

261030. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.