Bioinformatiker

Beskrivning av arbetsplatsen Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av världens största diabetescentrum med cirka 300 anställda (forskare och övrig personal) som arbetar för att förebygga diabetes samt förbättra diagnostik och behandling av diabetes. För att nå dessa mål arbetar vi vid centret för att kombinera expertis inom genetik, epidemiologi, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi. LUDC har stora unika biobanker och databaser med helgenomsdata länkade till nationella register med data om sjukdomsuppkomst och -förlopp, samt till register med data om behandling och behandlingsrespons. Centret har egna plattformar för de flesta molekylära genetiska metoderna och metabolomik. Arbetsuppgifter och ansvarsområden Den sökande som anställs (bioinformatikern) kommer att ingå i enheten för bioinformatik vid LUDC, som innefattar två bioinformatiker, en biostatistiker, en data manager, en dataingenjör och en IT-data manager (LUDC Bioinformatics Unit | LUDC). Enheten tillhandahåller bioinformatik, biostatistik och computational support till alla som är anslutna till LUDC, samt tillgång till en datormiljö med hög prestanda. Supporten omfattar delaktighet i både långsiktiga forskningsprojekt och mindre omfattande projekt, samt att vara tillgänglig för konsultationer, frågor och vägledning inom ramen för olika LUDC-projekt. Du kommer att hantera förfrågningar och leverera kort- och långsiktiga bioinformatiklösningar till forskare vid LUDC som inte är bioinformatiker och måste kunna kommunicera effektivt med personer som inte är experter på området och planera/fördela sin tid mellan flera olika projekt. Bioinformatikern kommer att bidra till förberedandet av manuskript med state-of-the-art-analyser och bilder/grafer av publikationskvalitet. Bioinformatikern kommer att vara involverad i alla aspekter som ingår för utveckling, implementering och hantering av bioinformatics/computational pipelines för varierande typer av data, inklusive men inte begränsat till genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, samt kliniska data och metadata. Vi förväntar oss även att bioinformatikern oberoende följer utvecklingen i bioinformatikfältet, för att kunna förbättra befintliga pipelines och presentera alternativa lösningar för hur man bäst använder tillgängliga data och resurser. En annan viktig del av det arbete som bioinformatikern kommer att utföra omfattar kvalitetskontroll, bearbetning och analys av data för Human Tissue Laboratory (HTL), en mycket viktig resurs för LUDC-forskare. HTL samlar in humana vävnadsprover för forskningsändamål och utför centrala analyser av dessa material vilka är tillgängliga för kollegor vid LUDC och Uppsala universitet. Den sökande förväntas även delta i utbildningen av och ge support till LUDC:s personal och forskare vid valet och användningen av bioinformatikverktyg. Kvalifikationer För anställningen krävs:  PhD i bioinformatik, matematik, molekylärbiologi, statistik, datavetenskap eller annat närliggande fält. bevisad erfarenhet av att tillämpa kvantitativa metoder på dataanalysuppgifter, samt erfarenhet av programmering och computing cluster. praktisk erfarenhet av att hantera, analysera och annotera olika typer av omikdata från högkapacitetstekniker, såsom single-cell-, bulk- och spatial RNA-sekvensering, ChIP-seq, CUT&RUN, DNA-metyleringsanalyser, eQTL-kartläggning och immunrepertoarsekvensering, både i explorativa analyser och i standardiserade analysflöden. färdighet i R och kunskap och erfarenhet från BASH/UNIX. erfarenhet av biostatistik samt maskininlärningsalgoritmer och ramverk (t.ex. scikit-learn, Keras och TensorFlow). erfarenhet av dataanalys och datautvinning för att identifiera trender och producera betydelsefulla datavisualiseringar. Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga databaser med biologiska data. mycket kapabel att samarbeta i tvärvetenskapliga team, som kan inkludera laboratorieforskare, läkare, epidemiologer, bioinformatiker, statistiker och dataanalytiker. vi kommer även att överväga personliga egenskaper där självmotiverade och flexibla individer, som klarar av att arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt och att prioritera och möta deadlines, kommer att prioriteras. dokumenterad muntlig och skriftlig utmärkt färdighet i kommunikation på engelska.  Meriterande för anställningen är: erfarenhet av att arbeta med reproducerbara forskningsverktyg såsom R Markdown/Quarto, Git, Conda, Snakemake eller andra arbetsflödesspråk och containerbaserade lösningar. erfarenhet av artificiell intelligens (AI), maskininlärning och djupinlärning för analys av biologiska och biomedicinska data. GitHub-profil med kodexempel är fördelaktigt. erfarenhet av något annat programmeringsspråk (t.ex. Python, Java, Perl). erfarenhet av att arbeta med multi-omics dataintegration. erfarenhet av analys av metagenomik- och (fosfo)proteomikdata. utmärkta kommunikationsegenskaper (både muntliga och skriftliga), som inkluderar muntliga föredrag och posterpresentationer. erfarenhet av utbildning och/eller undervisning. erfarenhet av att arbeta i en internationell miljö.  Övrigt Anställningen är tillsvidareanställning på 100 %, med tillträde 1 oktober 2026 eller enligt överenskommelse. Provanställning i sex månader kan komma att tillämpas. Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis, publikationslista och uppgifter till 3 referenser. Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan Öppen för alla Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov.

Are you passionate about transforming complex spatial biology data into actionable insights? Do you thrive in a cross-functional environment bridging experimental and computational teams? Moleculent is looking for an experienced Computational Biology Scientist with Immunology knowledge to drive and evolve our Applications and Fee-for-Service (FFS) initiatives. Join us to contribute to cutting-edge technology that unveils new perspectives on human biology! Moleculent is on an exciting mission to map cell communication at the molecular level in tissue, aiming to unlock radical new insights into human biology. This is a chance to join a focused and dedicated team with extensive experience in building successful life science companies and products. This is a permanent position based in Solna, Stockholm, with the possibility to work remotely. We welcome your application, but please note that interviews will be conducted in August! JOB DESCRIPTION As a Computational Biology Scientist, you will play a key role in driving data analysis workflows for customer and internal validation projects. You will take ownership of project design, biological interpretation, and stakeholder communication, working closely with wet-lab scientists, the Applications Team Lead, and R&D to ensure high-quality, reliable data insights. Key responsibilities: Design and interpret analysis strategies to support application development and pilot studies. Execute image preprocessing, cell segmentation, and spatial metrics extraction using established pipelines. Compile and visualize results into standardized reports for internal use and customer delivery. Collaborate on refining methods, troubleshooting, and prototyping new analysis metrics. Ensure data traceability and compliance with Moleculent's data packaging standards.  QUALIFICATIONS To fit this role well, you should hold an MSc or PhD in computational biology, bioinformatics, image analysis, spatial omics, or a related field. It’s a strong advantage if you have done a postdoc in a relevant field. Fluency in both written and spoken English, along with strong computer skills, is essential. Experience in clearly and effectively presenting data—both in writing and in oral presentations—is a key requirement. Proficiency in Python and spatial single-cell analysis, with the ability to design, execute, and interpret analysis workflows for complex datasets. A solid understanding of immunology is important, as our data closely relates to immune cell populations, marker panels, and tissue-based immune profiling. Experience working directly with customers—whether through pilot studies, fee-for-service delivery, or technical support—is highly valued in this role. Experience working across R&D, product, and commercial functions is a plus. Skilled in summarizing insights for cross-functional teams.  MOLECULENT We believe that our understanding of the molecular basis of human biology, in health and disease will increase radically in the coming ten years. This will lead to a vast improvement in therapies, and diagnostics, and a new, fundamental understanding of our own biology. Moleculent is on a mission to develop technology-enabled products that leverage new insights into the molecular foundation of human biology. https://www.moleculent.com/

Institutionen för biokemi och biofysik. SciLifeLab (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.  Administrativt kommer anställningen att placeras vid Institutionen för biokemi och biofysik, Stockholms universitet. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: www.dbb.su.se. Arbetsuppgifter SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, med syftet att utbilda och rekrytera nästa generation av livsvetare samt skapa stark och globalt konkurrenskraftig kompetens inom beräkningsvetenskap och datavetenskap för svensk livsvetenskap. Programmet syftar till att stärka nationella samarbeten mellan universitet, överbrygga forskningsmiljöerna inom livs- och datavetenskap samt skapa partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer. Vi söker nu framstående experter inom datavetenskap, maskininlärning och artificiell intelligens för att stödja excellenta forskningsprojekt samt medverka i avancerad handledning och forskarutbildning på nationell nivå. Som en del av våra nationella stödteam blir du en fullt integrerad medlem av SciLifeLabs bioinformatikplattform (National Bioinformatics Infrastructure Sweden: www.nbis.se), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter som erbjuder avancerat stöd, infrastruktur och utbildning inom bioinformatik och datavetenskap till det svenska livsvetenskapliga forskarsamhället, med ett starkt nationellt och internationellt samarbetsnätverk. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att: Genomföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna forskningsprojekt inom livsvetenskap, med fokus på avancerad maskininlärning och AI. Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser. Utbilda andra forskare runt om i Sverige genom samverkan inom projektstöd, konsultationer, mentorskap och avancerade nationella forskarutbildningskurser. Medverka i den strategiska utvecklingen av avancerad maskininlärning och AI vid bioinformatikplattformen, inom DDLS-programmet och inom SciLifeLab som helhet, i nära samarbete med externa partners. Kvalifikationer Vi söker framstående experter inom maskininlärning och AI med erfarenhet inom områden som avancerad bildanalys, datastrukturering och dataintegration samt stora språkmodeller (LLM:er) med tillämpningar inom biologisk och biomedicinsk forskning. De framgångsrika kandidaterna ska ha: doktorsexamen eller motsvarande arbetslivserfarenhet inom bildanalys, bioinformatik, datavetenskap, ingenjörsvetenskap, fysik eller motsvarande. omfattande erfarenhet (3+ år) av att tillämpa och/eller utveckla avancerade metoder inom maskininlärning och AI med relevans för internationellt konkurrenskraftig livsvetenskaplig forskning. mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska. stark samarbets- och kommunikationsförmåga.  Ytterligare kvalifikationer Relevanta postdoktorala studier eller motsvarande erfarenhet från industrin är en stark merit men inget krav. Programmeringskunskaper i Python samt erfarenhet av data science-verktyg såsom NumPy, Pandas eller Matplotlib är meriterande, liksom erfarenhet av moderna deep learning-ramverk såsom PyTorch och TensorFlow. ”Reproducerbar forskning” och ”FAIR-data” är centrala begrepp för oss, och vi värdesätter erfarenhet av utveckling av reproducerbar kod genom plattformar för koddelning, versionshantering, workflowspråk och containerlösningar. Dokumenterad förmåga att ansvarsfullt och i enlighet med lagar och regler använda maskininlärnings-/AI-metoder för känsliga personuppgifter är meriterande, liksom erfarenhet av validering och/eller tolkningsbarhet av AI-modeller. Om anställningen Anställningen gäller tills vidare på heltid med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde enligt överenskommelse. Vi erbjuder Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor. Arbetsplatsen är förlagd till SciLifeLab’s Stockholm campus i Solna. Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla. Kontakt Ytterligare information lämnas av Björn Nystedt, bjorn.nystedt@scilifelab.se eller Pär Engström, par.engstrom@scilifelab.se. Ansökan Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning. Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor. Beskrivning av arbetsplatsenSciLifeLab (www.scilifelab.se), som grundades 2010, är ett nav för life science-forskning i Sverige och ett samarbete mellan svenska universitet.  Den anställde kommer att arbeta vid SciLifeLab Data Centre (DC), som ansvarar för IT-frågor och forskningsdatahantering för SciLifeLabs teknologiplattformar och andra SciLifeLab-organiserade program och aktiviteter, bl.a. det nationella forskningsprogrammet för datadriven livsvetenskap (DDLS). Vi har ett nationellt uppdrag och driver tjänster för livsvetenskapliga data och e-infrastruktur, men även frågor om FAIR, öppen vetenskap och datadriven forskning, i stark samverkan med nationella och internationella aktörer. Hos oss har du möjlighet att aktivt påverka hur IT integreras i framtidens hälso- och miljöforskning, och arbeta för öppenhet, reproducerbarhet och största möjliga vetenskapliga genomslag för de stora mängder forskningsdata som genereras i fältet. Du kommer att arbeta med forskare, dataingenjörer, data stewards, och systemutvecklare i ett snabbt växande, dynamiskt och progressivt team med en ledande roll i landet. Anställningen är placerad vid Lunds universitet, inom SciLifeLab Lunds organisatoriska enhet med rapportering i linjen direkt till dess föreståndare. Arbetet leds av föreståndaren för SciLifeLab Data Centre. Arbetsuppgifter och ansvarsområdenSciLifeLab Data Centre (DC) söker en chef för vårt verksamhetsområde för vetenskapliga datatjänster. Området anställer idag ca 20 systemutvecklare och dataingenjörer med placering vid ett flertal av våra partneruniversitet, som fokuserar på utveckling, drift och support av datatjänster med vetenskapligt och bioinformatiskt innehåll, t.ex. för AI-modeller och beräkningsapplikationer, FAIR delning av forskningsdata för infektionssjukdomar, biodiversitet, bilddata, cell- och molekylärbiologi etc. Tjänsterna utvecklas baserat på behov från SciLifeLabs användare och som en del av SciLifeLab Data Centres uppdrag som digital infrastruktur. Arbetet vänder sig mot användare inom nationell infrastruktur såväl som vid programmet för Data-Driven Life Science (DDLS) och svenska life science-forskare i allmänhet. Ett fokus för kommande år är att bygga upp gemensamma integrativa tjänster för multimodala data genererade vid SciLifeLabs infrastrukturplattformar. Som chef för området kommer du att ansvara för personal- och ekonomifrågor för verksamhetsområdet, ingå i vår ledningsgrupp, och samordna arbetet inom området med andra verksamhetsområden vid DC. Detta inkluderar t.ex. områden för forskningsdatahantering, IT och tjänsteförvaltning. Du kommer även att ha en nyckelroll för DC’s strategiska arbete inom SciLifeLab för digital infrastruktur, och inom vårt samverkansarbete gentemot universitetsförvaltning, andra nationella infrastrukturer (t.ex. NAISS, SUNET och SND) samt internationella partners (t.ex. EMBL, CSC, CERN och VIB). DC har en starkt forskningsdriven verksamhet och du kommer särskilt att utveckla denna del hos oss. Du förväntas ha lång och internationell erfarenhet som chef och forskare vid infrastrukturer för bioinformatik och life science, och kunna ta en aktiv och drivande roll för att utveckla och leda verksamhet och organisation inom DC. Du behöver ha en stark egen erfarenhet som forskare. En hög förmåga till samverkan och kommunikation krävs både som en del av ledningen, gentemot samarbetspartners, och mot användargrupper. Placering är vid Lunds Universitet, och du kommer att särskilt utveckla DC’s nationella samverkan i Lund och södra Sverige, men din roll är ett tydligt nationellt uppdrag som chef och kräver god närvaro och förmåga att leda en nationellt distribuerad verksamhet. Kvalifikationer Krav för tjänsten: Du ska ha doktorsexamen inom relevant ämne, och minst tio års erfarenhet som chef med personal- och budgetansvar och strategiarbete vid internationell infrastruktur inom life science eller bioinformatik.  Dokumenterad flerårig erfarenhet av egen forskning inom life science/bioinformatik Dokumenterad erfarenhet av storskalig datahantering, högpresterande beräkningssystem (HPC), GPU-acceleration samt parallella filsystem Dokumenterad erfarenhet att leda personal och verksamhet för bioinformatikstöd och utveckling av bioinformatiska tjänster och verktyg Dokumenterad erfarenhet att säkra konkurrenssatt finansiering för egna projekt, samt driva dessa som PI Dokumenterad erfarenhet av träning och utbildning av forskare och teknisk personal inom life science Dokumenterad erfarenhet i egen roll som systemutvecklare med erfarenhet av teknologier för containerisering, t.ex Docker Mycket god förmåga att kommunicera obehindrat på engelska, i tal och skrift Önskvärt/meriterande i övrigt Kunskap om eller intresse för svensk biomedicinsk forskning och infrastruktur Erfarenhet av att arbeta med Scrum eller liknande agila metoder Erfarenhet av strategiutveckling för digital infrastruktur Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Den sökande ska ha mycket god samarbetsförmåga, initiativförmåga och goda kommunikativa kvaliteter, samt kunna visa aktiv kompetensutveckling relevant för arbetsbeskrivningen. Som person bör du vara flexibel, kreativ och serviceinriktad. Du bör även vara kvalitetsmedveten samt mål- och resultatinriktad. Övrigt Anställningen är tillsvidare på heltid med önskat tillträde den 2026-09-01 eller enligt överenskommelse. Provanställning under 6 månader kan komma att tillämpas. Så här söker du Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter.Ansökan ska även innehålla CV eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av examensbevis.)   Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.