Bioinformatiker till GMCK

Du erbjuds

En spännande multidisciplinär arbetsmiljö där ditt dagliga arbete gör stor skillnad för ett stort antal patienter

Stor möjlighet att utvecklas i din roll och ta dig an nya arbetsuppgifter över tid

Möjligheten att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens.

Du bidrar till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet.

I rollen kommer du bland annat att:

Ansvara för leveranser av NGS analyser till våra användare

Hantera förfrågningar från användare samt hjälpa till vid felsökning av vår bioinformatiska flöden

Bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden

Analysera patientprover inom externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt

Delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde.

Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS).

Vi söker dig som

är strukturerad och planerar, organiserar och prioriterar ditt arbete effektivt, med fokus på tillförlitliga kliniska leveranser

har god problemlösande analysförmåga och kan analysera komplexa frågeställningar, identifiera problem och hitta lösningar

har god samarbetsförmåga och trivs med att arbeta tillsammans med olika professioner och kompetenser

är initiativtagande och tar ansvar för att driva arbetet framåt samt bidrar till förbättring och utveckling

har god muntlig kommunikationsförmåga och kommunicerar tydligt samt anpassar din kommunikation efter situation och mottagare.

Kvalifikationer

Krav:

Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område.

Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS)

Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R)

Vana att arbeta i Linux-miljö

Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM

Kunskap i versionshantering (Git)

Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser

Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt

Meriterande:

Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö, nära genetik eller patologi, inom ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189)

Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod

Erfarenhet av containerteknologier (t.ex. Singularity, Docker)

Erfarenhet av utveckling och arbete i kvalitetssäkrade miljöer

Fördjupade kunskaper inom human genomik, speciellt kopplat till RNA- och metyleringsanalys med tillämpningar inom sällsynta diagnoser

Kunskaper inom hälsoinformatik och standardiserade datamodeller (t.ex HL7 FHIR och OMOP)

Goda kunskaper inom statistisk analys och test design

God förmåga att uttrycka dig på svenska, både muntligt och skriftligt

Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden.

I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett.

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!

Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. Här kan du läsa mer om rekryteringsprocessen och om vilka kontroller som utförs på Karolinska.

Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. Läs mer om vad det innebär här.

Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef om du blir aktuell för anställning.

För tillsvidaretjänster kan provanställning komma att tillämpas.

Att söka jobb i Region Stockholm

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.

Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser.

Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddade personuppgifter. Om du har skyddade personuppgifter ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen.

Läs mer om hur det är att jobba hos oss i Region Stockholm