Forskningsassistent inom cancerbioinformatik vid Karolinska Institutet

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet? Vi söker en mycket motiverad forskningsassistent till vår forskargrupp

inom cancerbioinformatik vid Karolinska Institutet. Vår forskning kombinerar artificiell intelligens, digital patologi och

cancergenomik för att öka förståelsen av tumörbiologi och identifiera biomarkörer som kan förbättra patientvården. I detta projekt

kommer du att arbeta med storskaliga histopatologiska bild- och genomikdata och använda avancerade beräkningsmetoder för att

studera cancerrelaterade biologiska processer och cancerhallmarks i friska och tumörvävnader. Projektet genomförs i nära

anslutning till SciLifeLab och TEF-Health (Testing and Experimentation Facility for Health), ett EU-finansierat initiativ inom

Digital Europe-programmet som bygger en europeisk infrastruktur för testning och validering av AI och digitala teknologier inom

hälso- och sjukvård. Karolinska Institutet och SciLifeLab utgör en central del av det svenska TEF-Health-konsortiet. Du blir en

del av en tvärvetenskaplig och internationell forskningsmiljö vid BioClinicum och kommer att arbeta i samverkan med SciLifeLab och

TEF-Health, med forskare inom bland annat cancerbiologi, bioinformatik, digital patologi och datavetenskap. Din roll Du kommer att

arbeta i ett forskningsprojekt som använder artificiell intelligens och metoder inom beräkningspatologi för att studera

cancerbiologi med hjälp av storskaliga histopatologiska och genomiska datamängder. Projektet använder offentligt tillgängliga

resurser såsom The Cancer Genome Atlas (TCGA) och Genotype-Tissue GTEx) för att undersöka cancerhallmarks i friska och

tumörvävnader. Arbetet omfattar analys av digitala patologibilder, tillämpning och utvärdering av djupinlärningsmodeller,

integrering av bild- och genomikdata samt statistisk analys av kliniska utfall. Du kommer att bidra till utvecklingen av

beräkningsflöden i Python och R samt genomföra analyser med hjälp av högpresterande beräkningsresurser. Arbetet kommer även att

bidra till aktiviteter inom TEF-Health och SciLifeLab med fokus på testning, utvärdering och validering av AI-baserade metoder för

hälsodata. SciLifeLab är en nationell infrastruktur för life science i Sverige som erbjuder avancerade teknologier och datadrivet

forskningsstöd. Genom projektets koppling till SciLifeLab och TEF-Health får du möjlighet att arbeta i en miljö där AI,

biomedicinsk forskning och utveckling av metoder för framtidens hälso- och sjukvård möts. Vem är du? Du har en examen inom

bioinformatik, datavetenskap, biostatistik, datalogi, biomedicinsk teknik, beräkningsbiologi eller ett närliggande område. Vi

söker en motiverad, nyfiken och analytisk kollega med ett starkt intresse för artificiell intelligens, beräkningspatologi och

cancerforskning. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Krav och intressen: - Starkt intresse för att tillämpa

beräkningsmetoder på biomedicinska forskningsfrågor. - Erfarenhet av programmering i Python och av att utveckla och anpassa

beräkningsflöden för analys av biomedicinska data. - Praktisk erfarenhet av att tillämpa och utvärdera djupinlärningsmodeller för

prediktion av genuttryck från digitala histopatologiska helglasbilder (whole-slide images, WSI). - Erfarenhet av förbehandling av

WSI, inklusive vävnadsmaskering, uppdelning i bildrutor (patches) och extraktion av bildrepresentationer (features) - Erfarenhet

av att sammanföra och analysera matchade histopatologiska bilder, RNA-seq-data och kliniska metadata från offentliga

cancerdatabaser, såsom TCGA. - Erfarenhet av kvantitativ jämförelse av modellprediktioner med uppmätta genuttrycksdata, exempelvis

med korrelationsmått och prediktionsfel. - Erfarenhet av statistisk analys i R, inklusive överlevnadsanalys med

Kaplan-Meier-metoden och log-rank-test. - Erfarenhet av att köra beräkningsflöden i Linuxmiljö på högpresterande beräkningssystem

(HPC). - God samarbetsförmåga och förmåga att arbeta både självständigt och i grupp. - Mycket god förmåga att kommunicera på

engelska i tal och skrift. Meriterande: - Praktisk erfarenhet av SEQUOIA, HE2RNA, Path2Space eller motsvarande modeller för

prediktion av bulk- eller spatialt genuttryck från histopatologiska bilder. - Erfarenhet av att beräkna och utvärdera

genuttrycksbaserade signaturer, exempelvis CIN70, och analysera deras samband med kliniska utfall och tumöregenskaper. -

Erfarenhet av analys av bröstcancerdata, inklusive molekylära subtyper - Erfarenhet av analys av normalvävnadsdata från GTEx eller

av spatial prediktion av genuttryck. - Erfarenhet av att anpassa befintliga modellimplementationer och hantera förtränade

modellvikter och programvaruberoenden. - Erfarenhet av GPU-baserad inferens och batchkörning av storskaliga bildanalyser på HPC. -

Erfarenhet av tvärvetenskapliga forskningsprojekt inom AI, hälsodata eller precisionsmedicin. Vad erbjuder vi? En kreativ,

internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande

medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här

bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är

Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds

också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av

din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: BioClinicum, Solna Tio skäl att välja Karolinska Institutet Ansökan KI tillämpar individuell och differentierad

lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T. Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering

söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du

söker jobbet. Detta är en tidsbegränsad anställning på 8 månader. Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla?

Sök jobb hos oss