Postdoktor inom encellsomik och spatial omik vid CNS-utveckling och sjukdom

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa? Li-forskargruppen vid Karolinska Institutet undersöker hur människans centrala

nervsystem utvecklas, hur dessa program störs av skada och sjukdom och hur de kan utnyttjas för regeneration och reparation. Vår

forskning integrerar encellsbaserad och spatial multiomik, human vävnad från olika utvecklingsstadier, stamcells- och

organoidmodeller, perturbationsmetoder och in vivo-modeller för att klarlägga mekanismer som styr celltillstånd och cellöde.

Aktuella forskningsinriktningar omfattar ryggmärgens utveckling och regeneration, stamcellers svar på ryggmärgsskada,

transplantation av neurala stamceller, CNS-organoider och utvecklingsbiologiska mekanismer vid hjärntumörer. Vårt långsiktiga mål

är att gå från att kartlägga celltillstånd i människans CNS till att förstå och i förlängningen kontrollera dem, och därigenom

skapa nya möjligheter för regenerativ medicin och behandling av neurologiska sjukdomar. Gruppen erbjuder en tvärvetenskaplig miljö

som förenar experimentell biologi, beräkningsvetenskap och translationella samarbeten. Din roll Postdoktorn kommer att bidra till

ett forskningsprogram som använder storskaliga encellsbaserade, multiomiska och spatiala dataset för att förstå hur celltillstånd

och beslut om cellöde regleras under CNS-utvecklingen och förändras vid sjukdom. Arbetsuppgifterna kommer främst att omfatta

dataset från CNS-utveckling hos människa och gnagare, hjärntumörer och organoidmodeller, med möjligheter att koppla

beräkningsbaserade upptäckter till experimentell perturbation och validering. Huvudsakliga arbetsuppgifter omfattar att: -

Analysera data från single-cell RNA sequencing, spatial transkriptomik och relaterade omikdataset som genererats inom gruppen och

från kompletterande offentliga resurser. - Integrera stora dataset över prover, utvecklingsstadier, anatomiska regioner,

experimentella modeller och sjukdomstillstånd. - Identifiera och karakterisera celltillstånd, utvecklingsbanor, regulatoriska

program och spatial organisation med relevans för CNS-utveckling och sjukdom. - Utföra multiomiska analyser och analyser över

flera modaliteter, inklusive integrering av transkriptomiska data, kromatintillgänglighetsdata och spatiala data där det är

lämpligt. - Utveckla eller anpassa beräkningsmetoder för storskalig dataintegration, prediktiv modellering, genregulatorisk analys

och inferens av cellöde. - Bidra till projekt som undersöker hur cellintrinsisk reglering och den cellulära mikromiljön

tillsammans påverkar beslut om cellöde. - Arbeta nära experimentella forskare för att formulera testbara hypoteser, vägleda

valideringsexperiment och tolka resultaten i deras biologiska sammanhang. - Bidra till studiedesign, reproducerbara

analyspipelines, datavisualisering, manuskriptarbete och utveckling av nya beräkningsbaserade forskningsinriktningar inom gruppen.

Den som anställs kommer att ingå i en tvärvetenskaplig forskningsmiljö med tillgång till omfattande egenproducerade

encellsbaserade, multiomiska och spatiala dataset som omfattar CNS-utveckling, regeneration, hjärntumörer och organoidmodeller.

Tjänsten erbjuder ett nära samarbete med experimentella forskare, vilket gör det möjligt att direkt koppla beräkningsbaserade

upptäckter till biologiska frågeställningar, perturbationsexperiment och validering. Det kommer också att finnas möjligheter att

utveckla nya analysmetoder och självständiga beräkningsbaserade forskningsinriktningar, särskilt inom storskalig dataintegration,

regulatorisk modellering och analys av cellöde. Tjänsten är en visstidsanställning i två år, med möjlighet till förlängning. Vem

är du? Vi söker en mycket motiverad forskare inom beräkningsbaserad forskning med en stark bakgrund inom bioinformatik,

beräkningsbiologi, genomik eller närliggande kvantitativa områden och ett stort intresse för CNS-biologi. Den som anställs bör ha:

• Dokumenterad erfarenhet av att analysera RNA-seq-data från enskilda celler eller cellkärnor. - Dokumenterad erfarenhet av att

analysera spatial transkriptomik eller andra spatiala omikdata. - Goda programmeringskunskaper i R och/eller Python. - Erfarenhet

av centrala analysmoment, inklusive kvalitetskontroll, celltypsannotering, differentiell analys, dataintegration och biologisk

tolkning. - Erfarenhet av att hantera stora och komplexa biologiska dataset och tillämpa lämpliga statistiska metoder över

biologiska prover och replikat. - Förmåga att självständigt utveckla och underhålla reproducerbara beräkningsbaserade

arbetsflöden, felsöka analyser och kritiskt tolka resultat. - God förmåga att kommunicera på engelska och att samarbeta effektivt

med experimentella biologer och andra forskare inom beräkningsbaserad forskning. Erfarenhet av storskalig dataintegration,

högpresterande beräkningar, multiomik, kromatintillgänglighetsdata, analys av genregulatoriska nätverk, modellering av

utvecklingsbanor eller cellöde, maskininlärning eller analys av perturbationsdata är meriterande. Erfarenhet av CNS-utveckling,

stamcellsbiologi, hjärntumörer eller organoidforskning, liksom tidigare utveckling av beräkningsmetoder, är också mycket

meriterande. Sökande förväntas inte ha expertis inom samtliga dessa områden. För att anställas som postdoktor krävs avlagd

doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast

vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om

det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare. Vad erbjuder vi? En kreativ, internationell inspirerande miljö fylld

av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik

medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika

forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande

position inom forskning. Flera av de personer du möter inom vården är utbildade på KI. En nära relationen till hälso- och

sjukvården är viktig för att skapa utbildning och forskning av högsta kvalitet. Som universitet är Karolinska Institutet också en

statlig myndighet. Det gör att du som anställd får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Placering: Solna Tio skäl att välja

Karolinska Institutet Ansökan Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska: - Bevis om

doktorsexamen - Ett komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk

titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete - En komplett publikationslista - En sammanfattning av

nuvarande arbete (maximalt en sida) KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och

RALS-T.  Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi.     Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla?

Sök jobb hos oss!