Bioinformatiker till GMCK

Vill du arbeta i absolut framkant av den molekylära precisionsdiagnostiken? Vi söker en bioinformatiker för att stärka den

pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom sjukvården. Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett

av världens mest avancerade sjukhus! Du erbjuds - En spännande multidisciplinär arbetsmiljö där ditt dagliga arbete gör stor

skillnad för ett stort antal patienter - Stor möjlighet att utvecklas i din roll och ta dig an nya arbetsuppgifter över tid -

Möjligheten att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant Självklart får du också ta del av våra generella

förmåner som Karolinska Universitetssjukhuset erbjuder dig.

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center

Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och

avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra

precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens. Du bidrar

till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare

inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och

forskargrupper på Karolinska Institutet. I rollen kommer du bland annat att:

• Ansvara för leveranser av NGS analyser till våra

användare - Hantera förfrågningar från användare samt hjälpa till vid felsökning av vår bioinformatiska flöden - Bidra till

kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden - Analysera patientprover inom externa

forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt - Delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande

arbetsflöde. - Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS).

Vi söker dig som

är strukturerad och planerar, organiserar och prioriterar ditt arbete effektivt, med fokus på tillförlitliga kliniska leveranser -

har god problemlösande analysförmåga och kan analysera komplexa frågeställningar, identifiera problem och hitta lösningar - har

god samarbetsförmåga och trivs med att arbeta tillsammans med olika professioner och kompetenser - är initiativtagande och tar

ansvar för att driva arbetet framåt samt bidrar till förbättring och utveckling - har god muntlig kommunikationsförmåga och

kommunicerar tydligt samt anpassar din kommunikation efter situation och mottagare. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.

Kvalifikationer

Krav:

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant

område. - Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS) - Goda

programmeringskunskaper (t.ex. Python, R) - Vana att arbeta i Linux-miljö - Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM -

Kunskap i versionshantering (Git) - Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser - Mycket

god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt Meriterande:

• Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö,

nära genetik eller patologi, inom ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189) - Erfarenhet av automatiserad testning, CI och

strukturerad kod - Erfarenhet av containerteknologier (t.ex. Singularity, Docker) - Erfarenhet av utveckling och arbete i

kvalitetssäkrade miljöer - Fördjupade kunskaper inom human genomik, speciellt kopplat till RNA- och metyleringsanalys med

tillämpningar inom sällsynta diagnoser - Kunskaper inom hälsoinformatik och standardiserade datamodeller (t.ex HL7 FHIR och OMOP)

• Goda kunskaper inom statistisk analys och test design - God förmåga att uttrycka dig på svenska, både muntligt och skriftligt Om

rekryteringsprocessen Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden. I samband med din ansökan behöver du

bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att

besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett. Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi

Karolinska!