Bioinformatiker till GMCK

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens. Du bidrar till arbetet i ett multidisciplinärt team tillsammans med läkare, molekylärbiologer, andra bioinformatiker och mjukvaruutvecklare inom sjukhuset samt med forskningsinfrastrukturen Clinical Genomics vid Science for Life laboratoriet (SciLifeLab) och forskargrupper på Karolinska Institutet. I rollen kommer du bland annat att:

• Ansvara för leveranser av NGS analyser till våra användare - Hantera förfrågningar från användare samt hjälpa till vid felsökning av vår bioinformatiska flöden - Bidra till kontinuerlig förbättring, validering och utveckling av våra bioinformatiska NGS flöden - Analysera patientprover inom externa forskningsprojekt och kliniska implementationsprojekt - Delta i teamets dagliga arbete samt bidra till ett väl fungerande arbetsflöde. - Delta i tvärvetenskapliga möten och samarbeten, exempelvis inom Genomic Medicine Sweden (GMS). Vi söker dig som - är strukturerad och planerar, organiserar och prioriterar ditt arbete effektivt, med fokus på tillförlitliga kliniska leveranser - har god problemlösande analysförmåga och kan analysera komplexa frågeställningar, identifiera problem och hitta lösningar - har god samarbetsförmåga och trivs med att arbeta tillsammans med olika professioner och kompetenser - är initiativtagande och tar ansvar för att driva arbetet framåt samt bidrar till förbättring och utveckling - har god muntlig kommunikationsförmåga och kommunicerar tydligt samt anpassar din kommunikation efter situation och mottagare. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.

Kvalifikationer

Krav:

• Magister- eller civilingenjörsexamen inom bioinformatik, bioteknik, biomedicin eller annat relevant område. - Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk dataanalys kopplad till storskalig DNA/RNA-sekvensering (NGS) - Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python, R) - Vana att arbeta i Linux-miljö - Erfarenhet av arbete i HPC-miljö, gärna med SLURM - Kunskap i versionshantering (Git) - Kunskaper i Nextflow eller liknande ramverk för automatisering av beräkningsanalyser - Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt Meriterande:
• Erfarenhet av arbete i klinisk sjukhusmiljö, nära genetik eller patologi, inom ackrediterad verksamhet (t.ex. ISO 15189) - Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod - Erfarenhet av containerteknologier (t.ex. Singularity, Docker) - Erfarenhet av utveckling och arbete i kvalitetssäkrade miljöer - Fördjupade kunskaper inom human genomik, speciellt kopplat till RNA- och metyleringsanalys med tillämpningar inom sällsynta diagnoser - Kunskaper inom hälsoinformatik och standardiserade datamodeller (t.ex HL7 FHIR och OMOP) - Goda kunskaper inom statistisk analys och test design - God förmåga att uttrycka dig på svenska, både muntligt och skriftligt Om rekryteringsprocessen Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden. I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett. Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!